El modelo estructura las capacidades del sistema penitenciario, asegurando que los operadores esten especializados en los conocimientos, habilidades y ética de servicio público para cumplir con sus tareas definidas como de alta excepción. Para esto, cuenta con el Centro de formación, capacitación, especialización e investigación penitenciaria del estado, unica entidad con un organo de formación especializada del país. Solamente la federación, cuenta con un centro de capacitación para personal penitenciario. El modelo se construye en tres etapas, coordinadas por áreas orgánicas, en razón de la situacióin jurídica de las personas, especialmente las privadas de la libertad. En este caso, la primera parte del modelo es operada cuya función es el diagnostico de la persona, proporcionar información de las normas de disciplina y convivencia del centro y asegurar la vinculación con su circulo exterior, o bien, generar uno afin a sus condiciones a partir de grupos o instituciones participantes. En esta etapa es indispensable que la persona tenga contacto con el exterior. En la segunda fase, en atención a la situación juridica determinada por el juez, la persona privada de la libertad es ubicada en un entorno adecuado a su diagnóstico e inicia el proceso de elaboración consensuada del plan personal de actividades, así como las acciones inherentes al fortalecimiento de capacidades de autogestión y autodeterminación.

En la tercera fase, se realiza por decreto de la autoridad judicial, de forma consensuada, se hace un plan de acompañamiento hasta por un año, para lograr la reinserción social atraves del programa “ciudadanos construyendo lazos”, donde la participación ciudadana es esencial en la reintegración a la comunidad de cada persona.
Este acompañamiento, es totalmente distinto a la supervisión de medidas en libertad que realiza umecas (autoridad supervisora de medidas en libertad decretadas por la autoridad judicial), con quuej se trabaja de maneta coordinada.
El Modelo de Operación del Sistema Penitenciario gestiona y administra los Centros Penitenciarios del Estado, brindado acompañamiento a las personas privadas de la libertad durante su internamiento y hasta por un año en su Externamiento. Se cuenta con dos líneas estratégicas que sigue todo el personal de la Comisión Estatal del Sistema Penitenciario de Querétaro, la Seguridad Penitenciaria y Reinserción Social.
A través de la Seguridad Penitenciaria se garantiza la estancia y trato digno de las personas privadas de la libertad, por su parte la Reinserción Social trabaja a través del trabajo, capacitación para el mismo, salud, deporte y educación como medios que permiten a la persona privada de la libertad contar con habilidades y herramientas que le permitan regresar a la sociedad, es por ello que a la par de esto se promueve el desarrollo de la resiliencia de las mujeres y hombres privados de la libertad, y durante su externamiento se brinda acompañamiento hasta por un año, además, se trabaja con la comunidad fomentando la reconstrucción del tejido social con programas como “Ciudadanos Construyendo Lazos”.